Les maladies et les ravageurs peuvent affecter considérablement les cultures de raifort. Parmi les maladies rencontrées figurent la pourriture blanche, l’oïdium et l’alternariose, et parmi les ravageurs, les pucerons, les limaces et les nématodes. Pour la prévention, il est recommandé d’appliquer des traitements phytosanitaires avec des fongicides et des insecticides homologués. L’alternance de produits contenant différentes substances actives est essentielle pour éviter l’apparition de résistances chez les agents pathogènes et les ravageurs.
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